生物信息学与深度学习环境配置存档

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安装pytouch gpu等

https://blog.csdn.net/baobei0112/article/details/122578861

https://pytorch.org/get-started/previous-versions/

Jupyter Notebook配置多个IPython Kernel详细过程记录（IPython与Jupyter Notebook介绍、IPython、Jupyter安装配置）

https://blog.csdn.net/hohaizx/article/details/89633203

jupyter notebook添加虚拟环境

https://blog.csdn.net/sinat_37574187/article/details/123325288

conda，bioconda，mamba的使用，环境打包迁移*****

https://mp.weixin.qq.com/s/ilacyAuWCyXYZKDDOjaoBQ

在matlab中实现txt文件与mat文件的互换

https://blog.csdn.net/huangxiaoyanger/article/details/124969753

利用 bioconda 管理生物信息软件：conda、channel、环境管理、软件管理、mamba（conda下载软件速度慢？、一直耗费时间处理环境问题？环境问题处理失败）、版本控制和迁移、按照位置启动小环境*****

https://mp.weixin.qq.com/s/ilacyAuWCyXYZKDDOjaoBQ

## 用 conda list 的 export 功能

conda list # 查看当前环境所安装的软件

conda list -n rnaseq --export > conda_rnaseq_list.txt # 导出环境中安装的包的列表（软件名=版本号=build）

conda create -n rna -file conda_rnaseq_list.txt # 安装导出的信息

## 用 conda env 的 export 功能 —— yml文件提供的信息更全面

conda env export -n rnaseq > rnaseq.yml # 导出想要导出的环境

conda env create -f rnaseq.yml # 根据导出的yml文件创建环境

conda env update -f rnaseq.yml # 根据导出的yml文件更新环境

在linux系统上使用conda 安装GPU版本TensorFlow-GPU（详细步骤）

https://blog.csdn.net/Peyzhang/article/details/125555150

linux系统 anaconda环境下安装gpu版本的pytorch

https://pytorch.org/get-started/previous-versions/

测试是否可用：

import torch

if_cuda = torch.cuda.is_available() print("if_cuda=",if_cuda) gpu_count = torch.cuda.device_count() print("gpu_count=",gpu_count)

pip 修改默认缓存文件夹

https://zwc365.com/2019/10/24/pip-default-dir-modify/

conda转移环境

https://www.anaconda.com/blog/moving-conda-environments

https://www.jianshu.com/p/f14ac62bef99

R包安装方法及安装记录

https://zhuanlan.zhihu.com/p/466258819

http://www.biomarker.com.cn/archives/25146

【Python实现】解析Drugbank文件中的XML,drug-target

https://blog.csdn.net/zfhsfdhdfajhsr/article/details/123991781

利用Python解析XML文件，提取DrugBank数据库小分子结构和活性数据smiles结构

https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzUxNDAzMDUwMw==&mid=2247514483&idx=4&sn=cc318306efb811a6c62141a7bfa15dde&chksm=f94ed7bbce395ead1c5bc8b1444fea4337eda548cf87f287c8c8fd27dd07de3bc701ce6b0880&scene=27

http://www.360doc.com/content/22/0419/11/79325180_1027224607.shtml

https://blog.csdn.net/u012325865/article/details/81879170

【Python实现】Smith-Waterman算法快速计算序列相似性

https://blog.csdn.net/zfhsfdhdfajhsr/article/details/123984831

python命令行加参数argparse

https://zhuanlan.zhihu.com/p/539331146

Pandas读取CSV，看这篇就够了

https://blog.csdn.net/sirobot/article/details/126177390

tensorflow中指定GPU及GPU显存设置

https://blog.csdn.net/guvcolie/article/details/77164230

*****使用Anaconda安装GPU版tensorflow1.8 安装cuda和cudnn（若无英伟达显卡则无须安装*）**

https://blog.csdn.net/weixin_52879567/article/details/116190147

****TensorFlow指定GPU 指定多个GPU，指定特定GPU*************

指定某个显卡

禁用GPU

支持的设备表示：

https://www.cnblogs.com/zongfa/p/16556299.html

tensorflow gpu 运行出现OOM错误，主要是显存不够用

https://blog.csdn.net/wcy23580/article/details/90177669

Yinqi Yang

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